Limon aşısı, limon ağacına yapılan aşı türlerinden biridir ve genellikle göz aşısı yöntemiyle gerçekleştirilir. Bu aşı türü, yılda iki kez uygulanabilir: ilki sonbaharda, Eylül veya Kasım aylarında; ikincisi ise ilkbaharda, Nisan veya Mayıs aylarında yapılır. Bu tarihler, bölgenin iklim koşullarına bağlı olarak değişebilir. Limon aşısı, ağaçların kabuk verdiği ve anaç ile kabuk arasının sulandığı zamanda yapılır. İlkbahar aylarından yaz bitimine kadar devam eden bu süre içinde aşı yapılabilir. Aşı yapılacak limon ağacı, 1 metre boya ulaştığında aşılanabilir.

Aşılamaya başlamadan önce, fidanların üzerleri iyice temizlenir. Aşılama yapılacak aşı bıçağı da temizlenir veya başka aşılama işlemlerinde kullanıldıysa dezenfekte edilir. Temizleme ve dezenfekte işlemleri tamamlandıktan sonra aşılama işlemine başlanır. Ağaç aşılamalarında birden fazla aşılama yöntemi mevcuttur, ancak limon aşısında en verimli yöntem T aşısıdır.

T aşısı yöntemi, hem kolay hem de çabuk tutan bir aşı olduğu için tercih edilir. Aşı yapılacak limon ağacının gövdesi seçilirken sağlıklı ağaçlar tercih edilir. Seçilen limon ağacının kabuğu, aşı bıçağı ile T şeklinde gövdeye zarar vermeden yarılır. Yarılmış kabuk ile anaç gövde arasında bulunan ince zara zarar verilmemelidir. Başka bir sağlıklı ve verimli limon ağacından elde edilen göz, aşı yapılacak yere nakledilir. Aşılamada mutlaka kabuklar birbirine temas etmelidir. Daha sonra aşılanan yer, aşı bandı veya aşı macunu ile gözün üstü kapatılmayacak şekilde sarılır. Bu sarım sırasında limon ağacına ve aşı gözüne fazla sıkıp zarar verilmemesine dikkat edilir.

Limon aşısı her limon ağacının gözünden yapılmaz; bu nedenle aşılama yapılacak gözler özenle seçilmelidir. Gözlerin hastalıklı olmamasına dikkat edilmelidir. Limon ağacı kolay aşı tutar ve 15-20 gün içinde, en geç bir ay içinde tutan aşı gözü sürgün verir. Sürgün veren aşı gözünün hemen üstünden limon ağacının uç kısmı kesilir.

Limon aşısı, ayrıca kalem aşısı olarak da yapılabilir, ancak tutma olasılığı çok az olduğu için genellikle göz aşıları tercih edilmektedir. Kalem aşısı yapılırken, limon ağacının gövdesi kesilerek aşı yapılır. Bu yöntemde aşı tutmadığı zaman, ağacın tekrar aşılanması aynı yıl içinde imkânsız hale gelir.