Limon budamanın amacı, ağaçta derinlemesine bir temizlik yapmaktır. Limon budaması, hasta, yaşlı ve kuru dalların alınarak tacın havalanması ve güneşlenmesi için zemin sağlamak amacıyla yapılır. Bu işlem, ağacın genel sağlığını korumak ve verimini artırmak için kritik öneme sahiptir. Özellikle uç alma budamasının zamanlaması konusunda çok dikkatli olmak gerekir. Uçkurutan hastalığı nedeniyle yapılan limon budaması, hastalık riskinin en düşük olduğu zamanlarda gerçekleştirilmelidir. Bu hastalık, havanın 30 derece ve üzeri olduğu dönemlerde görülmez. Limon dışındaki tüm turunçgiller kış aylarında budanmasına rağmen, limon budaması gözlerin uyanmayacağı bir zaman diliminde yapılmalıdır.

Limon budaması, uç alma budaması olarak yapılmalıdır. Limon budamasında uç almanın amacı, sürgünlerde bulunan yan dalların daha sağlıklı uzayabilmelerini sağlamaktır. Limon budaması yaz aylarında yapılırsa, sonbaharda yan dallarda yeni sürgün oluşumu meydana gelir ve kışın bu yeni sürgünler soğuk havanın etkisi ile zarar görür. Zarar görmüş sürgünlerde de uçkurutan hastalığı görülme ihtimali daha fazla olur. Limon budama için uç alma zamanının en uygun tarihi Ekim ve Kasım aylarıdır. Böylece limon ağacı ilkbahar aylarında daha verimli ve sağlıklı olur. Limonda uç alma budaması kışın yapılırsa tüm gözler yok edilerek limondan verim beklenemez.

Limon budama işlemi yapmadan önce, budama sırasında kullanılacak olan aletlerin dezenfekte edilmesi son derece önemlidir. Bu şekilde aletlere bulaşan hastalık riski sağlıklı dallara taşınmamış olur. Dezenfektan için, 1 ölçek çamaşır suyu 4 ölçek normal su ile karıştırılarak budama aletleri bu suyun içerisinde 5 dakika kadar tutulur. Temiz su ile durulandıktan sonra budama işlemine geçilir.

Limon budaması sırasında dikkat edilmesi gereken en önemli konulardan biri de budama aletlerinin temizliği ve hijyenidir. Aletlerin dezenfekte edilmesi, hastalıkların yayılmasını önler ve ağacın sağlıklı kalmasını sağlar. Ayrıca, budama sonrası ağaçlara uygun gübreleme ve sulama yapılmalıdır. Ağaçların ihtiyacı olan besin maddeleri ve suyu alması, budama sonrası hızlı ve sağlıklı bir şekilde toparlanmalarını sağlar. Bu şekilde limon ağaçları, hem verimlilik açısından daha yüksek performans gösterir hem de hastalıklara karşı daha dirençli hale gelir.